Esta Comisión, creada en 1960, recopila información sobre las enfermedades de los anfibios, crustáceos, moluscos y peces y sobre los métodos para prevenirlas y controlarlas. La Comisión elabora el Código Sanitario para los Animales Acuáticos y el Manual de las Pruebas de Diagnóstico para los Animales Acuáticos. El estatus normativo internacional de estas obras es reconocido por el acuerdo MSF de la Organización Mundial del Comercio. La Comisión organiza también reuniones científicas sobre diversos temas importantes para la acuicultura.