Créée en 1960, cette Commission rassemble les informations relatives aux maladies des amphibiens, des crustacés, des mollusques et des poissons, ainsi qu'aux méthodes de prévention et de contrôle à appliquer contre ces maladies. La Commission produit le Code sanitaire pour les animaux aquatiques et le Manuel des tests de diagnostic pour les animaux aquatiques. Le statut normatif international de ces recueils est reconnu par l'accord SPS de l'Organisation mondiale du commerce. Elle organise également des réunions scientifiques sur différents sujets importants pour le secteur de l'aquaculture.